经过半年的努力，上海这个烂摊子得到初步整顿，稍见起色，工业生产、市场物价、财经情况逐步好转，上海人民正在欢度新年、春节之际，美帝国主义和国民党反动派不甘心他们的失败，在1950年2月6日，大肆轰炸上海。“二六”轰炸后，潘汉年副市长立即陪同陈毅市长到被炸现场视察慰问。据当时同去的随从人员回忆，当他在现场看到人民生命财产受到严重破坏的情景时，心情非常沉重，充满了对受害人民的同情和对美蒋反动派暴行的无比愤恨。
当时正值旧历年关前后，“二六轰炸”造成的新的困难，使原来潜在的上海私营工商业企业内部的各种矛盾和问题一齐爆发出来，正如大病初愈的人，又染上了新的病痛。那时，上海一个尖锐的问题，就是劳资关系紧张，劳资纠纷迭起。为了克服“二六轰炸”引起的工商界困难，刘长胜和潘汉年亲自负责处理劳资纠纷工作。他俩以极大的毅力，一方面通过工会组织说服工人，主动采取留职停薪、减薪、轮班工作等办法，协助厂方克服暂时困难，及时纠正了个别单位中某些不正确的做法;另一方面，积极督促工商业者改善经营管理，实行精简节约，争取保本自给。当时，对一些尖锐的劳资纠纷案件，还亲自处理。最近，一位著名的老工业家回忆那时的情景说，解放初期，我同潘副市长常常见面，有时他还到我家来。在“二六轰炸”后，有一天晚上，因劳资争议较为紧张，劳动部门打电话来家中找我，恰巧潘副市长刚到我家谈话，他接过话筒在说明自己身份后说：你们怎么在夜里还打电话找人，明天再说吧!把紧张的局面缓和下来了。又有一天晚上，某纱厂一些工人因劳资争议问题，上门找一位著名的工业家。那位工业家打电话给潘汉年反映情况，他立即打电话转告陈毅市长，并果断地排解了一场严重的纠纷。这位工业家说：潘副市长精明干练，处事有魄力，至今印象还很深。
在调整劳资关系的同时，政府通过贷款、代纺、代织、代染和订货等措施，调整公私关系，许多厂商纷纷复业开工。当时有一家由金城银行投资的纱厂，发生资金困难。潘汉年获悉后，指示金融业要同生产事业相结合，并责成有关部门主动找他们商谈，在公平合理原则下，使该厂问题及时获得了解决。还有一位棉纺业大户，解放初期从国外带进一笔资金，恰巧遇到“二六”轰炸，这笔钱全部用罄，生产发生困难，结果也是在潘汉年亲自关心下，通过贷款帮助他度过了困难。事后，这位工商业者说：“共产党办事干脆，有肩胛。”
还值得一提的是，“二六”轰炸后，引起上海市场物价很大的波动，市民纷纷排队购买大米和煤球。尽管政府千方百计从外地调运大量物资来沪加强供应，平抑物价，但市场上的挤购现象仍很突出，特别是大米，在私商粮食代销店门前排成长龙。那时，有位外国专家向我们工商局建议说，光靠私商代销，还不能把大米直接接国营零售牌价分配到市民手里，米价也很难稳定，必须立即开设国营零售粮食商店。我们就把这建议向刘晓和潘汉年作了汇报，很快得到了批准。我们马上行动起来，短短两天之内，就在市内各区，特别是劳动人民聚居的地区，开设了50多家国营零售粮食店，敞开供应大米，紧张的排队现象随即消失，市场和人心也都稳定下来。我们还在主要地区开设合作社门市部，供应日用工业品。从此，上海人民那种长期受“二白一黑”(白米、白布和煤炭)严重威胁的日子一去不复返了。当年潘汉年在这一重大问题上，坚决果断决策的情景，至今还历历在目。
潘汉年十分重视民主协商工作。早在1949年12月5日，上海市就成立了统一战线性质的市协商委员会，在人民和政府之间发挥桥梁作用。上海市各界人民一届三次代表会议，选举成立了新的协商委员会，由陈毅任主席、潘汉年等任副主席，下面分工商、劳资、税务、文教、一般等小组，在常委会领导下，经常集会讨论，研究各项工作。潘汉年常常参加小组讨论，直接听取意见，并即席发言，对提出的问题分别作出解答或解释，使到会同志都感到满意。潘汉年一再说：“对政府提供建议和帮助，经常反映各界人士意见，对各种重要工作及时协商，各部门负责人到会报告各项重要措施，并答复所提问题，这样使政府与人民之间、各界人士之间，经常气息相通，交换意见。”1952年间，潘汉年根据1951年政务院秘书长会议精神，召开了机关内部统一战线工作组成立大会。到会的有市府委员，各委、局、处、院、署、区政府负责人和在市府内工作的共产党员、民主党派成员、无党派民主人士代表、专家、技术人员、人事部门干部等二千余人，交流机关内部统战工作情况，反映问题，提出批评和意见。潘汉年在会上作了《关于进一步加强市府机关内部统一战线工作的报告》，受到了与会同志的热烈欢迎。后来，他对机关统战工作还作了重要批示：“政权中党委及党组应经常讨论本单位的统战情况，支部应将统战工作列入经常议事日程之中”，并“要求政府首长应综合本单位统战情况，将成绩：缺点，联系今后如何提高统战认识，向党外干部作报告”。与此同时，潘汉年还切实妥善执行安排党外民主人士的工作，并为担任领导职务的民主人士配备秘书。他还嘱咐政府有关部门及时向他们汇报请示，使这些担任领导职务的民主人士做到有职有权，尽职守责，发挥他们参政议政的作用，体现了在政权内部党与非党民主人士合作共事的关系。
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