后来在铁路和公路工程紧张施工的时候，总理又不止一次地询问孙继先：公路修得怎么样了?铁路何时通车?什么时候能发射?等等。基地大规模的施工建设即将结束时，总理最关心的便是飞机场的修建情况，经常询问飞机什么时候可以在基地着陆等问题。那阵子，孙继先经常就基地建设中的一些具体情况和面临的困难、问题，向总理如实地汇报，总理对基地建设的进展情况了如指掌。所以孙继先说：“我们基地的建设没有总理的直接关怀是建不成的。”
有一次，孙继先听说北京建人民大会堂剩下些边角料，便说：“总理，能不能把这些边角料给了我们?”
总理说：“你要它干什么?”
“我们在那里安家，想建个基地礼堂。”
总理说：“好哇，批给你们。”
不久，这批材料运抵“东风”(基地所在地名)。孙继先专为此事开了一个会。他说：“我向总理要来了建人民大会堂的材料，我们在基地建一个礼堂，要一流的设计，一流的施工质量。再过三十年也不落后。”
因此，人们说孙继先要建西北的人民大会堂。他说：“就是要有人民大会堂的质量。”
不久，一座漂亮的礼堂拔地而起，在当时的西北地区首屈一指，堪称建筑精品。直到20世纪80年代初，在西北仍属先进之列。可惜，一场突如其来的大火，把这座礼堂的顶盖和木质结构化为灰烬，但它的地基和四壁却完好无损，人们在原基础上又重建了一座礼堂。可见，当年的设计水平、施工能力和建筑质量是多么的优秀。
轶事之二：和陈士榘上将“叫板”
1960年夏，基地早期基建工程的任务完成后，工程兵司令员陈士榘想到自己的部队连个像样的营房都有没有，就下令，撤离基地的工程兵将剩余建材全部带走。
就在他们装车的时候，二十基地的官兵报告了孙继先。
孙继先把副司令员李富泽找来，说：“他们要把东西都拉走?”
李富有泽说：“东西是二十基地的，不是他工程兵的，拉走，没门!”
孙继先说：“你立即去把“东风”至清水的军用铁路线给封了。”
李富泽指挥重兵，拦住运料军列。双方形成僵局。陈士榘一个电话打到副总参谋长杨成武上将那里，说二十基地拦他们的车，杨成武把电话打到孙继先那里问情况。结果陈士榘、孙继先各说各的理，互不相让。
最后，杨副总长说：“两个兄弟部队总不能打起来吧?这样吧，孙继先你先放行，再解决争议。”
孙继先不服，说：“杨副总长，服从命令可以，这事情怎么解决?”
“总部立即派人调查。”
孙继先下令撤走了部队。陈士榘急忙将部下拍摄的大批反映工程兵指战员在极其艰苦条件下工作和生活的照片，带到了总部首长那里，要求总部首长允许将二十基地基建“剩料”拨给工程兵建营房。
“官司”打到总参谋长罗瑞卿那里，决定让陈士榘将“剩料”原数退还二十基地，并十分严厉地说：“国家供给二十基地的建材是不允许随便挪用的，本来运进去就不容易，又把它运出来，下一步二十基地的建设怎么搞?!如果陈士榘执意不退还这些‘剩料’，那他就是窃国大盗!”
最后，陈士榘如数退还了“剩料”，了结了这场纠纷。
其实，陈士榘和孙继先的私人感情一直很好，陈司令员很赞赏战争年代自己手下的这员战将，孙司令员也一贯敬重这位身经百战的老上级。这个时候，他们没有为了自己个人的利益而闹别扭，而是为国家、为士兵的利益发生争执的。事后，他们言归于好，友谊长存。
只是孙继先去世后，陈士榘对孙继先的儿子说：你父亲什么都好，就是脾气大!
轶事之三：“兔司令”
二十基地的初创，正遇上三年困难时期。全国性的大饥荒使创业者们原本十分艰苦的生活雪上加霜。此时的孙继先将军作出过不少的惊人之举：
——一天，孙继先召开常委会，他说：“今天不为别的事，请大家算一笔账。”
他说，“二十基地位除了享受11类地区(北京是6类地区)的工资外，国家还允许享受一定比例的边疆补贴，两项加在一起，与在内地工作的同志相比，差不多等于拿双份工资。如果我领取这双份工资，数额将超过毛主席等国家领导人，比比贡献，自己怎能么和毛主席相比?”
他明确表示：国家面临困难时期，他只按当地标准拿工资，别的补贴一分不拿。
司令员不拿，别人谁还敢领?于是，二十基地的官兵只拿当地的工资，不再另要边疆补贴了。
直到国家经济状况好转以后，二十基地才恢复边疆补贴。
对此，人们褒贬不一，孙继先本人到死不悔。
……
——他召开基地党委会，请来了一个司务长。他说：“今天我们请他讲讲外出采购的情况。”
原来，这位司务长路过甘肃省境内的一个村庄，发现村里死气沉沉。甚至有人饿死在街上，青壮年身体虚弱的难以出门，不少人已躺在床上饿得奄奄一息。
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