从表面看，垂直管理尽管强化了上级政府的直接管理能力，一举解决了下级政府的过度自由处置问题，但这些被派驻或分布在地方的上级政府的部门，随着时间的流逝，与一般地方政府部门究竟有多大的差别?如果说，垂直管理之前的下级政府部门会滥用权力，那么仅仅把部门的顶头上司换一下，就能够解决滥权问题?这显然是不可能的。因此，这基本上是一个试图用管理技术方法来掩盖和替换体制、机制改进问题的方案，不仅难以奏效，而且会混淆视听，使人盲目乐观。
另外一个值得关注的问题就是，目前实施的垂直管理体制，把变动的重点几乎完全置于权力的切割和转移上，而少在体制、机制、环境和内涵逻辑方面做文章，也可以说，垂直管理所变革的只是权力所属关系而已，而对障碍和困扰政府的真正问题则基本没有触动。坦率地说，在一个多层级的、中央与地方、上级与下级多重嵌套的政府结构中，所谓的上下级关系是高度可变的，因此一些困扰中央政府以至于不得不采取垂直管理方式试图解决的一些难题，其实也是困扰高层级政府的难题，因此，采取权力归属上收的方式解决问题，无异于开启了各级政府随意变动所属政府间关系的大门，显然这会给一些不当的政府行为提供方便。因此，这不应当成为改革的重点。
在中央政府的政策水平没有得到根本性提高的情况下，通过中央政府垂直管理方式而实质性地推行全国统一政策，在有些情况下，可能反而不利于事务的处理。这样的垂直管理不仅是多余的，更是负面的。之所以出现这种情况，原因在于，中国是一个超大、超复杂的政治体，而又实行高度统一的中央集权体制，全国一盘棋，统一政策、统一步骤。但通常的情况是，中央政府制定的政策需要地方政府因地制宜地细化和具体执行，因此地方政府实际上是部分地参与了中央政府的政策制定，分享了中央政府的权力。中央政府之所以把政策制定权部分地让渡给地方政府，是由于仅凭自身的知识和智慧，是无法制定出既覆盖全国、同时又具备细致的、可操作的政策文件来的。因此，在中央政府政策制定水平还不足以达到既宏观又微观、既原则又具体的水平的情况下，发挥地方政府对中央政府政策制定完善的补充作用，对中国政府政策制定和执行水平的提高，是有着重要的促进作用的。从这个角度出发，凡是有助于地方政府参与中央政府政策制定和完善过程的管理方法，就是好方法;反之，那些或明或暗地排斥和阻碍地方政府进入中央政府政策制定过程的方法，肯定是不利于政策的制定和执行的，因此不是一个解决中央与地方关系的好方法。
当下，各权力部门实施垂直管理的呼声一浪高过一浪，越来越多的职能部门已经或正在努力争取挤进垂直管理的行列。
当前正在争取垂直管理的部门还有：监察、公安、检察、劳动保障、计划生育等。而在去年上海社保基金案被披露后，有关学者也呼吁高层对省级以下社保经办机构进行垂直管理。记者还注意到，哪个领域问题突出，哪一项工作推进遇阻，就有人提出对该领域实行垂直管理。比如，前不久，某县的文物保护工作推动不力，人们马上开始热议文物保护部门也该实行垂直管理。垂直管理已经被视同抗地方干扰的灵丹妙药，也从另一个侧面宣告了某些行业部门在面对地方政府干扰时的无能为力甚至束手无策。
按照垂直管理设计、推行者的良好意愿，将权力部门进行垂直管理后，就可以有效解决地方保护主义的泛滥，使有法不依、滥用职权的状况得到改善甚至杜绝。
垂直管理真能顺利取得预想的效果吗?
难破地方保护迷局
从垂直管理部门的运作效果来看，首先并没有有效地破除有着深刻的社会和制度背景的地方保护主义。
垂直管理部门难拒地方“勾兑”。为了完成上级下达的各项考核指标，地方政府会想尽一些办法来完成。比如，为完成经济考核指标、增加GDP，有的地方往往重招商轻审核，从而导致污染企业来了，生产假冒伪劣产品的企业也来了;地方政府往往还会为这些企业的进入大开绿灯，会主动为这些企业协调与实行垂直管理的监管执法部门的关系。
利益制约难破地方保护。尽管实行垂直管理的执法部门其人、财、物都不由当地政府管辖，但毕竟是在人家的“一亩三分地”上，与当地存在着千丝万缕的联系，不可能在执法中做到真正意义上的超脱。即使实行了垂直管理，也不敢轻易得罪地方政府，地方保护主义依然存在。
此外，垂直管理部门的许多工作人员基本上都生在当地、长在当地，中国又是一个特有的人情关系社会，在当地执法、查处违法违轨行为时，很快就会有七大姑八大姨前来说情，最后不免大事化小，小事化了。
有了这样的社会和制度背景，尽管工商、质监、药监等权力部门实行了垂直管理，但因破解地方保护主义不力而导致的监管乏力，使得近年来各地出现了大量假冒伪劣产品事件，如“红心鸭蛋”事件和阜阳劣质奶粉事件等。
现实中地方政府有滥用权力的问题，那么，我们应该在对权力的监管上下工夫，要努力通过变革制度安排，使地方政府不敢、也不能再滥用权力，而不是一味地上收权力。对权力部门大量实行垂直管理后，地方政府与垂直管理部门的搏弈结果，最终不过就是两者形成相安无事、互不干涉的局面。实行垂直管理就可以破除地方保护的良好愿望，就这样被巧妙地化为了无形。
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