在何廉领导下农本局适时地在后方广大农村，建立以县为单位的农业合作银行(即合作金库);又因陋就简，尽量利用已有的公共财产，如乡村的祠堂、关帝庙或观音庙、集镇的会馆来筹建农业仓库。有了农业仓库，农民把收获的物产储存在那里，就不用担心霉烂、损坏。同时，农民如果需要现金，可以用储物作为抵押从仓库借款。农民从合作金库借款，利率很低，而且也不用物品担保;只有一个条件：必须是本县合作社社员。因为合作社连带有集体责任，合作金库借出的钱款不必担心不能归还。
农本局相继在四川重庆、湖南长沙、陕西西安、贵州、广西桂林、湖北西部设立专员办事处。蔡承新是一同参加救国会的老朋友，周有光经他介绍，在重庆专员办事处主持日常工作。从1938年到1939年一年的时间里，重庆专员办事处先后在30多个县，成立了合作金库和农业仓库。周先生到省内一个又一个的合作金库和农业仓库巡回指导、审查;还尝试办家畜保险业务;为了改良柑橘品种，和金陵大学农学院园艺系的教授到江津、綦江等处调查。他跑遍四川各地，对那里的人文、地理了如指掌。他说刚到四川住在旅店里，他拿两块钱请茶房代买柑橘。一会儿，茶房背回一大背篓上好柑橘。他惊讶，怎么买这么多?茶房说，两块钱就是这么多。事后他才知道，橘农没有储存条件又无法外销，柑橘大量上市时根本卖不上价钱。农业仓库建成后，农本局仿照北方夏天窖冰的方法，向橘农推广如何把柑橘储存在仓库里。柑橘储藏问题解决了，橘农的收入也提高了。
到处奔波，还要随时跑警报，躲空袭。1939年5月3日和5月4日，日寇连续两天对重庆市区实施震惊中外的狂轰滥炸。山城变成火和血的海洋，5000多人被炸死，房子大部烧光了，以至于站在市中心就看到长江和嘉陵江边了，二十万老百姓无家可归。周先生回忆5月4日傍晚，他们听到空袭警报赶快把日常公文收拾就绪搬入地下室。喘息未定，离办事处不足二三十米的地方突落数弹，门窗全毁。东边的兴隆街首先起火，接着西边被炸的地方也烟火大作。形势危急，他们当机立断只留两三人看守办事处，其他人携带账册连夜绕道送总局寄存。不久，周先生带着他的办事处迁往长江上游宜宾。
周先生说：“人越是在困难的时候越不能消沉。”周先生特别善于在艰苦生活中发现乐趣，一生都是这样。往返于宜宾、重庆之间，他常常坐一种形似“蜻蜓”的水上小飞机，那是他平生坐过的交通工具中最有趣的。飞机翅膀居然是绸子做的，有两只船形的木头脚可以停在水上。当时长江、嘉陵江沿途都有水上小飞机，主要是邮政部门投递信件用的。飞机上有一名驾驶员、一名助手。后部放东西的边上，还可以坐一两个人，他们常常把这座位售出赚点“外快”。飞机停稳后，小船划到飞机旁边，接送信件或人员。飞机很小，飞得很低，水中的鱼呀、草呀，看得清清楚楚。妙极了!这有趣的飞机还救过张允和的命。一次她患痢疾，大家都认为没救了。但朋友帮忙在重庆请到一位名医，一星期两次坐水上飞机到宜宾诊治。奇迹发生了，张允和痊愈了。
周先生在农本局的工作是出色的。何廉曾在文章里写道：“在四川省会成立一个大办事处，管四川的合作金库和农业仓库等单位，并派周耀平(周有光当时的名字，笔者注)任主任，周是一个很能干的人，大学毕业，在上海的银行里做过副经理，富有经验。”
回顾农本局岁月，周先生说：后方的农民保证了抗战时期的粮食、棉花，解决了吃饭穿衣问题。直到抗战结束，基本没有出大问题，这是一件了不起的事情。当时政府每一个方面都是向老百姓要钱的，而钱哪里来呢?追本寻源主要从农民身上来的。只有农本局把钱借给农民，帮助农民发展生产，所以农本局对抗战是有巨大贡献的。
抗战期间，周先生还做了一项艰苦而有意义的工作，就是1943年3、4月间，新华银行等四家银行组织“西北经济调查团”，调查陕西、甘肃的经济情况。这个调查团名义是民间代表团，实际是应政府要求组织的，政府给调查团提供吉普车等交通工具。调查团由五位银行家组成，周有光是该团负责人。调查团由重庆出发到西安、兰州、武威、张掖、酒泉，直走到嘉峪关、玉门、安西。
每到一地，他们先去拜访当地的府衙，结果令人遗憾，官员们对自己辖区的基本情况几乎茫然无知，连基本的经济统计都没有。调查团有人想到了教会，便去天主教堂了解情况。周先生说：“噢，不得了!他们给你讲得头头是道。”调查团在西北获取的最有用的资料，几乎都来自教会。
周先生说，西北的教会主要是西罗马系统的天主教，神父大多是法国人和意大利人。这些传教士文化水平很高，都是大学毕业。到了中国他们要不断学习中国文化，不但学习国语，还要学习当地方言。他们要深入边区，深入农村，深入群众。他们对中国的情况一清二楚，会定时向罗马教廷报告。所以，说他们是特务也不冤枉。可是，从宗教的角度来看，他们传教使信徒觉醒，跟了他们走向天国。传教士到一个地方，给有病的人治病，教没有文化的人识字读《圣经》，还教生活技能。今天要发展西部，就需要有像教会那样的组织力量支持当地;有像传教士那样的人甘于贫苦、甘于牺牲来做工作。
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