一三五二年，安徽凤阳的卖卜人郭子兴也在濠州集众起兵反元，也称自己的军队为红巾军，接受韩宋帝国的领导，在皖南、渐东攻城掠地，兵锋直指江苏。郭子兴死后，大将朱元璋统领其部众挥师东进，于一三五六年攻下南京，并以南京为根据地四出征讨，成为江南最大的武装割据力量。
除了红巾军外，盐贩张士诚于一三五三年在江苏高邮集众暴动，攻占江苏全境，另一位盐贩方国珍则把浙江变成自己的独立王国。黄河以南的蒙古统治呈现土崩瓦解的迹象。
韩宋帝国宰相刘福通自颍州举义后，一直领兵在最前方同蒙古帝国的主力部队浴血奋战。他于攻陷开封作为首都后，即向蒙古发动总攻，分三路进兵。东路由大将毛贵率领，攻山东省。西路由大将白不信、李喜喜率领，攻陕西省。北路由大将关先生、破头潘率领，攻开平。东路兵团前期进军顺利，一举攻占了山东省省会济南，把山东省蒙古人的势力一扫而光，然后兵锋直指大都，一直挺进到距大都只五十公里的柳林村。蒙古第十八任大汗脱欢帖木儿手足无措，准备放弃大都向北逃亡。但宰相拓拔太平坚持固守。毛贵攻击不能得手，孤军不能久留，只好返回山东，最后被尾追而至的蒙古主力军击溃。西路兵团深入关中后，因孤军深入后无援兵，在蒙古人优势兵力的围攻下战败溃散，漏网的部众被天完帝国的大将明玉珍收编。只有北路兵团取得了较大的战果，该军一路势如破竹，穿过山西，沿途摧毁蒙古帝国的所有抵抗，攻陷蒙古帝国的上都开平。开平距作为首都的大都只二百五十公里，理所当然成为西路军的下一个攻击目标，在大都先行把大汗擒获，把蒙古帝国的心脏摘除。不知什么原因，西路兵团没有这样做，却向与战略重心没多大关系的更遥远的东方进军，攻陷辽阳，进入高丽王国。高丽兵团不能抵抗，只好向北路兵团投降。遗憾的是，这只所向无敌的革命部队，经过长途远征和一连串胜利，头脑已经发昏，军纪空前败坏，引起高丽人民极大的痛恨。高丽王国充分利用农民军的弱点，有计划的出动大批美女，跟农民将士交往缠绵，男子则乘机把他们的战马和武器藏匿。一切准备妥当后，高丽军民发动突如其来的反击，被高丽女人掏空了身子的农民军不能抵抗，在温柔乡里引颈受戳，关先生也身首异处。只剩下万余人转斗脱险，逃回中国，意料中地掉进蒙古人设置的陷阱，全军覆没。
韩宋帝国三路出征，把自己的有生力量消耗殆尽。蒙古军队乘机发动反攻，韩宋帝国的首都开封在血腥中陷落。刘福通保护小明王韩林儿突出重围，千里转战到安丰，在那里招集残余部众继续抗击蒙古军队。一三六三年，韩宋帝国雪上加霜，遭到另一位变民首领张士诚的反噬袭击，宰相刘福通战死沙场，帝国的支柱倒塌了，余部出奔滁州，在张士诚的追击下不能支持，应朱元璋的邀请前往南京。这个昨天的部将今天的暴发户没有胸怀容纳旧日的恩主，密令奉迎的军队在瓜步镇把韩林儿推入长江溺死，对外则诡称小明王失足落水，看上去一切都顺理成章。韩宋帝国自此寿终正寝，这个率先举义的农民政权，在变民集团中第一个走向灭亡，但它在最前方挡住了蒙古的主力部队，把蒙古帝国的墙基掏空，使其它的变民集团在它的卵翼下有机会发展壮大自己的力量，为蒙古帝国的最后覆亡创造了条件。
当北方的红巾军全军覆没之际，南方的红巾军政权也进入了倒计时。建都武昌的天完帝国在帝国的鼎盛时期发生了内乱，皇帝徐寿辉在宦官美女的包围下恣情享乐，不思进取，把当初举义起事的初衷抛到九霄云外，在将士面前日益丧失威信，实权逐渐滑落到宰相倪文俊手中。倪文俊对这个没落帝王不能忍受，阴谋谋杀他，由自己当皇帝，没想到螳螂捕蝉，黄雀在后，拥有更大野心的大将陈友谅发动先发制人的政变，杀死倪文俊，坐上了宰相的高位，取得了控制政府的力量。一三六０年，陈友谅把已成为傀儡的徐寿辉杀掉，自己登上了皇位，改国号为"汉"，建都武昌。陈友谅在内斗中虽然站在胜利的一方，但他的日子也不多了，陈汉帝国和天完帝国相比，力量已严重消弱。盘踞四川的大将明玉珍不承认他的政权，在成都宣布独立，建立明夏帝国，不再服从陈汉帝国的节制。这时暴发起来的朱元璋正在乘胜西进，在陈汉帝国的西部边界鄂东赣北和汉军发生冲突。一三六四年，朱元璋和陈友谅在鄱阳湖展开关系帝国命运的决战，陈友谅的运气太还，当战斗进入胶着状态时，他从船舱里偶尔探出头来，竟被流箭射死，本来占优势的陈汉兵团不可挽回地失败了。儿子陈理年幼，不能统率他的部队，只好举国向朱元璋投降。
最后站出来收获红巾军的战果，给摇摇欲坠的蒙古帝国最后一击的幸运儿是打着红巾军招牌，实际上与红巾军没多大关联的朱元璋集团。朱元璋在攻陷南京后，头脑忽然开了窍，意识到人才的重要，把浙皖名士李善长、刘基、宋濂网罗进他的政权，这是他比别的农民领袖的高明之处。朱元璋采纳李善
长、刘基的建议，把以报复和掠夺为宗旨的农民军改造成为一支有纪律有政治目标的武装力量，并在战略上作出有利于保存实力和巩固新生政权的调整。当其它变民集团尤其是韩宋帝国在和蒙古人苦斗时，朱元璋却避开蒙古人的打击力量，把作战目标对准中国人的其它抗暴力量，夺取他们的地盘，把对方的军队编入自己的队伍，以扩充自己的实力。朱元璋的战略对整个中国的民族革命来说是卑鄙的，但对他的政权是明智的。当其它变民集团在抗击蒙古人的战斗中两败俱伤时，朱元璋的实力却大大的膨胀，为他最后收获胜利果实打下了坚实的基础。继一三六四年灭亡陈汉帝国后，朱元璋又于一三六七年打败了张士诚和方国珍，把富庶的江浙并入自己的政治版图，自此整个江南进入掌握，取得了和蒙古人争夺中国的优势。朱元璋在溺死韩林儿后，顺理成章地坐上了韩宋帝国的第一把交椅，并于一三六八年即皇帝位，改称明王朝（白莲教又号称"明教"），定都南京。这时朱元璋才正式面对蒙古帝国，一个被农民军掏空了墙基，力量已今非夕比的虚弱帝国。朱元璋兵团在大将徐达的率领下大举北伐，没有经过大的战斗，就轻而易举地把惊魂未定的蒙古统治者赶出了中国本土。
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