蒙古人的野蛮统治，激起汉人风起云涌的抗暴斗争。蒙古帝国统治中国期间，农民暴动的次数比历史上任何一个王朝都要多。十三世纪八０年代，江南即暴发抗暴革命二百余起；到了下世纪四十年代，仅山东、河北地区就有三百余起农民暴动，说明蒙古帝国到处都是战场。遍地战乱一定引起灾荒，旱灾经常大规模发生，赤地千里。最惨重的是黄河下游，饥馑逼人发狂，到处发生人吃人的惨剧。一三四五年，黄河又在铜瓦厢决口，向西南倾泻，六百公里狭长地带上的村庄和人民全被淹没。河水泛滥所及，又增加数十万无家可归的流民，成为武装群众无尽的兵源。大规模农民起义的条件已经成熟，最终酿成排山倒海的红巾军大起义。
红巾军大起义是在"白莲教"的旗帜下有准备有组织地策动起来的。白莲教是佛教中的一个神秘支派，源于五世纪的"净土宗"，倡导光明善良，反对黑暗邪恶，认为忍让向善，行为明明白白的人死后会进入西方极乐世界，坐在莲台上享受芸芸众生的礼拜。蒙古帝国前期，白莲教因有反抗暴政的宗旨，被元政府禁止在帝国内部传播。到了蒙古帝国后期，元政府被风起云涌的农民暴动搞得焦头烂额，为了缓和阶级矛盾，才对白莲教解禁。农民志士积极利用白莲教作幌子，在汉人中进行反抗蒙古统治者的鼓动和组织工作。元政府禁止中国人集会串连，现在用宗教传播作掩护，就可以避开政府的禁令，使分散的农民抗暴活动走向联合集中成为可能。
在白莲教的诸多传教士中，有两位教主的活动对起义的影响最大，他们是韩山童和彭莹玉。韩山童主要活动在黄淮地区，建立了从事起义准备工作的领导核心，得力助手有后来成为红巾军起义领袖的刘
福通和罗方素、王显忠、韩咬儿等人；彭莹玉主要活动在江淮地区，没有成立领导核心，主要从事反元的鼓动和宣传工作。韩山童宣称"白莲花开，明王出世，弥勒降生。"明王就是白莲教主，也就是韩山童自己，意思是自己将代替蒙古人成为农民的主人。这三句谒语在一贯迷信的中国人中有很强的号召力，各地白莲教会纷纷成立，信徒成千上万。
正当农民抗暴活动排山倒海兴起之际，蒙古帝国政府却在决策上出现了一个大的失误，即引黄河恢复故道，工程由宰相脱脱亲自主持。一三五一年一月，征调十七万民工，用五个月的时间把铜瓦厢决口堵住，使黄河仍向东北流入渤海。这本是一项建设性的伟大工程，但它选错了时间，尤其是用错了方法。在人心鼎沸的年月里，把十七万满情怨恨的劳工，从他们的家乡强迫征调集中到一起；完工之后，又没有妥善安置，任由他们向四方流散，为农民集众抗暴提供了巨大的机会。韩山童、刘福通等起义志士充分利用这个天赐良机，在民工中煽动反元情绪，培植起义骨干。刘福通命他的教徒刻了一个一只眼的石人，背上刻写着"石人一只眼，挑动黄河天下反。"埋在黄河故道黄陵岗附近。当民夫在施工中把这个石人掘出来时，群情鼎沸，一传十，十传百，人人都认为蒙古人的气数已到了尽头，元帝国的灭亡指日可待，纷纷磨拳擦掌准备向蒙古人讨还血债。韩山童、刘福通发现民众反叛情绪已被有效地调动起来，起义时机已经成熟，就在五月八日这一天在颍州白鹿庄杀白马举义旗，公开打出反元旗帜，在民工中发展队伍，队伍一律用红巾裹头，称为"红巾军"。工程完毕后，除少部分民工还乡外，大多数都集结在刘福通的红巾之下，成为起义的主力。红巾军最先攻下颍州，把颍州的蒙古人无论老幼全部杀死，接着分兵四出攻击邻近的州县，各地农民纷纷起兵响应。蒙古政府派军镇压，但挡不住红巾军的攻势，汉人的愤怒情绪象火山爆发一样，一发不可收拾。一三五五年，红巾军攻下亳州，在那里建立政权。这时白莲教主韩山童已死，刘福通迎立韩山童的儿子韩林儿称帝，国号"韩宋"，刘福通被任命为帝国宰相。一三五七年，刘福通统率红巾军攻陷中原军事重镇开封，把首都迁到那里。这时韩宋帝国已占领淮河流域和黄河以南的广大地区，拥有十万战斗兵员，整个中原进入掌握。
在江淮地区，没有治理黄河那样的机会来集合民众，白莲教徒便采取另一种特殊的方式来联络民众暴动。在蒙古帝国境内，中国人在蒙古"甲主"的严密监视下，既不能聚会宣告，又不能派人逐家逐户传递消息，无法约定同一时刻举事。于是白莲教徒恳请"甲主"准许他们向各家分送象月亮一样的圆形甜饼，称为"月饼"，以便中国人为大汗祈福。"甲主"允许了，而月饼中夹有中国字写的通知（蒙古人不识中国字）："八月十五日杀鞑子。"鞑子是汉人对蒙古人的蔑称。中国人准备停当，当晚夜半，所有的"甲主"和他的家族都死在中国人的棍棒之下，连怀中的婴儿都被摔在石阶上，脑浆迸裂，作母亲的还没有哀号出声音，已死在乱刀之下，凶惨不忍卒睹。汉人的报复是血腥残酷的，蒙古人的后裔开始为先辈的屠杀和暴政付出惨重代价。
江淮流域的红巾军主力集结在布商徐寿辉的旗帜之下。徐寿辉是湖北浠水人，在彭莹玉、邹普胜等白莲教徒的拥立下在蕲州起兵，先攻克蕲州、黄州，占领浠水后在故乡称帝，建立天完帝国。后分兵四出征讨，占领长江中游，并派军进入江南，扫荡蒙古势力。一三五六年，天完帝国的宰相倪文俊攻占武昌，徐寿辉把都城迁到那里。一三五七年，徐寿辉派大将明玉珍出征四川，占领了川蜀全境和云南的广大地区。
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