培根被关进了可怕的塔楼囚牢之中。
历史上，他的很多亲戚都曾被关押于此。
但是，3天后，弗朗西斯出狱了，并被安排到威尔士王储的一处住所歇息。王室也废除了对他的罚款判决。
大法官的头衔并没有被剥夺。尽管他不再担任公职，但是，这一头衔他可以使用一辈子。后来，听很多人说，国王经常哀叹，再也听不到大法官的进言了。“唉，要是我那位老法官在身边就好了，什么事情很快就能解决了。”国王陛下一有什么解决不了的难题，就想起弗朗西斯来。
但是，弗朗西斯仍然不能进入王宫。判决书上规定他必须保持离王宫12英里以外，还规定他不能走近伦敦最豪华的地方。他也没有别的办法，只能再次搬回乡下古汗堡家里。当他出发踏上回家之路时，很多朋友和祝福者们都陪着他一路走去，这些人想以此表示相信弗朗西斯的清白。当查尔斯王储看到这一场面时，不禁说道，“这人这样走了，他是在蔑视我们。”这话说得不假。约翰·张伯伦在与卡灵顿从未间断的通信中写道：
“今天，他走了。我听说，他回乡下古汗堡老家去了。但他一点也没有表现出自己是灰溜溜走的，他本应该表现得很沮丧才是。他还是那个样子，一副闲暇、
幽默的样子，一如他在位时一样。”
直至今天，詹姆斯·斯比丁、赫普沃斯·迪克逊、阿尔弗莱德·多德以及巴斯尔·蒙大奇等传记作家，先后写出了关于弗朗西斯·培根的书。另外，还有很多来自培根协会的人专门研究弗朗西斯·培根，除此之外，还有很多很多其他人也在研究培根。他的名声仍在探讨当中。当然，他的聪明头脑与精美作品已经抵消了他在人格上的瑕疵与种种不纯的动机带来的负面效应。
价值连城的《第一对开本》与莎士比亚版画头像
现在的培根没有了公职，人变得非常轻松，他终于可以做自己最喜欢做的事情：写作与出版了。一项计划已经在进行中，经过合理分配时间，加上有助手帮助，他的计划进行得相当顺利。
但最让他日思夜想的，是关于理想联邦国的计划。他一刻都没有忘记，那个“遥远的国度与几个世纪后的未来”；他描述那个地方，并为此写出一段传奇故事，让人们相信他们将要看到的是怎样的国度。建立一个更趋完美的国家，一直是他梦寐以求的事情。如果这个完美国家不能在英国建立，那就只能寄希望于大洋对岸了。
《新大西洋》就是培根所写的传奇故事，其中讲述了一片新天地，在这片土地上，根据柏拉图的故事建立起一个理想的社会。
弗朗西斯·德雷克爵士环游世界旅行后的第三年，汉弗莱·吉尔伯特爵士又扬起风帆向纽芬兰岛进发。他到达那里之后，便宣称该土地归大英王室所有。培根和他的助手们成立了一家纽芬兰移民公司。1610年，公司派约翰·吉尔到那里。他带着国王的特许证，以及渔具、木材、羊群和其他商业项目出发了。在纽芬兰岛，弗朗西斯·培根先生被认为是最早的移民定居点建立者之一。1910年，为表示对他的敬意，纽芬兰还发行了纪念邮票。
直到弗朗西斯·培根死后，《新大西洋》才发表出来。他的牧师说，这本书他一直没有完成。即便如此，它仍然被认为是最了不起的故事，是所有希望成为作家的人们写出漂亮英语的范文。培根有如《圣经·旧约》中犹太人的领军人物摩西，带领人们从蛮荒的无知之地走出来，
培根退休后的几年里，真是硕果累累。他出版了一大批图书。这时期他最具里程碑性质的图书是《学习的进步》，以自己的真实名字用拉丁文在全欧洲出版发行。书中附加大量注释，其中也对“双密码”技术做了一番描述。有些学者认为，这是世界上非常罕见的珍贵资料性图书。
另外，他还出版了一本非常了不起的书，是科学方面的，即《10世纪自然史》。该书也是观察记录性质的文集，其中包括对自然现象所做的各种实验、教学内容与讨论的话题。此时，还有一些不太重要的作品问世。它们都是关于历史、传记、科学的论说文集。
就在这时，他出版了整个世界几百年后都不会丢弃的书：以“威廉·莎士比亚”之名出版的戏剧集，后来以“第一对开本”而闻名于世，原书名叫《根据真实故事出版的威廉·莎士比亚先生的喜剧、历史剧和悲剧》。该书收集了36部剧作。
那个叫威廉·莎士比尔的人此时已过世七个年头了，没什么人注意过他的存在。为什么给“威廉·莎士比亚”树立的纪念碑会突然出现在斯特拉特福的圣三一教堂之中呢？雕刻家吉尔拉特·詹森大展才艺，但“莎士比亚”雕刻像面部缺乏表现力，也没有显现出个性。这尊半身雕像其脸部温和，像戴了副假面具，没有太过复杂的表情，也没有明显出个性特征。有人称它为“无名者”的脸。而莎士比尔家族和他的朋友如果真想树立此碑的话，那一定先要首肯这一造型设计。
又过了50年，因为发生了一件事，这位姓莎士比尔的人的死因被公布出来。约翰·沃德，斯特拉特福镇的牧师这样写道：曾经有一天，培根的秘书与本·琼森到斯特拉特福镇的一家客栈住下，他们此行可能是为了庆贺威廉即将到来的52岁生日。“莎士比亚、德莱顿和本·琼森3人高兴地聚会了。好像他们都喝了不少酒。但莎士比亚没过多久就死了，据说是死于热病，临死时抽搐不已。”死于热病？牧师提醒自己，一定要“细细品读莎士比亚的全部剧作，对所有的诗行都了然于心，这样我才能不在此问题上太过无知”。
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