从1935-1949年新中国成立这段时间，共有瑞士新闻记者马依纳、职业作家弗来明、英国外交官泰克曼、英国人费尔希纳、希普顿、怀特、范迪维特、埃斯林顿-史密斯、美国人帕克斯顿、弗兰克、肖尔、澳大利亚记者罗伯逊、英国地理学家蒂尔曼、等到中国新疆进行考察。
20世纪中期，我国学者开始注意并研究丝绸之路上的文化。1928-1929年、1930年，考古学家黄文弼进行了2次吐鲁番、焉耆、库车等地的古遗址考察，并对包括和阗在内的塔里木盆地西部进行了调查。黄文弼也剥取了上述地区的一些壁画，但却毁于日本对杭州的一次轰炸。
1942年，国民党政府成立了“敦煌文物保护研究所”(即现在的敦煌研究院的前身)。
1949年新中国成立后，我国政府开始对甘肃、新疆的古遗址进行修复和研究。
2解放后的新疆考古大发现
1959年，由李遇春先生带队的新疆考古队，在条件极为艰苦的情况下，进入尼雅地区进行调查、发掘，清理了一处东汉墓葬，出土了大量珍贵文物。之后，一批有志的内地青年大学毕业后志愿来到新疆，战斗在新疆文物考古战线上，为以后的新疆文物考古工作增添了新的力量。
新疆的文物考古工作者对新疆的新石器时代的文化遗址，如：哈密市七角井、三道岭、乌鲁木齐市柴窝堡、吐鲁番市阿斯塔那、阿克苏县哈拉玉尔衮、疏附县阿克塔拉、木垒县四道沟等处进行了比较深入的调查或试掘工作，从出土文物并结合我国古文献中记载进行的研究分析中，初步认识了新疆原始社会新石器文化和古代民族文化的面貌以及与祖国内地的紧密联系。
通过对战国至两汉时期的墓葬，如：天山东部坚穴木椁墓、帕米尔古代少数民族墓葬、阿拉沟墓葬、尼雅东汉合葬墓、天山以北草原土墩墓、石堆墓的发掘及对出土文物的研究分析，为认识这一历史时期的古代民族(如塞种、月氏、乌孙等)迁移、匈奴在新疆地区的活动、汉王朝统一西域以及“丝绸之路”的形成等都提供了重要资料，对研究新疆的政治发展史具有重要意义。在汉王朝设在西域的最高行政和军事机构——西域都护府，也做过一些考古工作，由于条件所限，只是初步。
吐鲁番盆地是解放以后新疆考古工作的一个重点地区。在高昌故城城郊的阿斯塔那、哈拉和卓晋唐古墓群，考古工作者先后十一次共清理古墓456座。在这批墓葬中，最早有晋秦始九年(公元273年)、最晚有唐大历七年(公元772年)的文字材料，出土的大量文物中有文书、丝织物、绘画、雕塑以及各类日用品等，十分珍贵，对研究我国晋唐时期的政治、经济制度及其在新疆地区的实施状况;研究吐鲁番地区的历史、民族成分和经济特点;研究“丝绸之路”的繁荣及中外经济、文化交流等都具有重要的科学价值。同时对这一时期的交河故城、高昌故城、安西都护府故址、北庭故城均做过初步调查。
从公元6到8世纪末，活动于北疆广大地区的是突厥民族。在塔克拉玛干东南缘一带，自公元7世纪末至8世纪末则活跃着吐番民族。公元9世纪中叶后，回鹃人又大量进入新疆地区。新疆考古工作者对与之相关的地区和遗存也做了不少考古工作。如在阿尔泰地区、伊犁地区、博尔塔拉蒙古自治州的部分遗址，以及若羌县的米兰遗址、吐鲁番地区的柏孜克里克千佛洞、胜金口石窟、库木吐拉千佛洞等，发现了许多石人像、石质容器、陶器、铜器、木器、契约、题铭、文书等等，为研究这一时期历史提供了丰富的资料。
在新疆的文物考古成就中，对古代佛教寺院、石窟寺遗址的考察占有很重要的位置。新疆大型佛教石窟群，目前主要分布在天山以南，集中在库车、吐鲁番两地区内。在吉木萨尔、哈密、和田、喀什、巴音郭楞蒙古自治州也分布着佛寺、佛塔、寺院等佛教文化遗迹。佛教石窟群，不仅对研究佛教思想、艺术及佛教的东渐，而且对研究当时新疆地区的历史和社会生活状况都有着重大的价值。在这一时期的新疆除佛教、原始宗教、道教外，还发现有属于摩尼教、景教、袄教的文物遗迹。元代以后，伊斯兰教、喇嘛教等宗教建筑就遍布于新疆各地了。
新疆考古工作者对宋、元以降的历史文化遗存也做了不少工作，如对巴楚县的脱库孜萨来古城、昌吉古城、乌拉泊古城、霍城县的阿力麻里故城、察布查尔县的海努克等古城和乌鲁木齐市的盐湖古墓等等，进行了调查和清理，也发现了大量的珍贵文物。
改革开放以来，先后开展了中瑞牙通古斯河流域的联合调查，中法克里雅河流域的联合调查，中日尼雅遗址的联合考察，中日交河沟西墓地的联合调查等，都取得了很好的成果。其中中日尼雅遗址的联合考察，在1995年获得重大考古收获，被列为中国95年十大考古重要发现之一，在国内外引起轰动，对于尼雅考古学及汉晋西域考古学、历史学诸领域的研究是一个极大的推动。同时为汉晋西域史各领域，如中央王朝与西域诸国的政治、经济、文化联系、民族关系史、体质人类学研究、“丝绸之路”贸易史的研究等都提供了非常宝贵的第一手资料。另外，这些文物也对古代科技史如丝绸工艺史、冶金史、天文史的研究都有着重要的学术价值。目前，我们对尼雅遗址的调查范围和认识已远远超过了斯坦因等外国学者。、
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