若松城失陷前夕，政府军发炮攻城，致使城内大火，火势不断蔓延，浓烟冲天。二十位疗伤的白虎队少年，眺望山下的城邑陷入火海之中，悲愤之余，相继拔刀自裁。另外，还有多名白虎队少年随着若松城失陷而集体自杀。
松平容保被迫开城投降，其他同盟各藩也相继放下了武器。松平容保虽然被免去死罪，囚禁在江户，但是作为政府军的长州藩，把会津藩的战死者一律判定为贼党，会津人被称为“会贼”，他们居住之地被叫作“白河以北一山百文”，意思就是会津人所居之地，一座山才值一百文钱。会津藩战死上千人，特别是白虎队少年的悲壮故事，后来被拍成电影，写成小说，广为流传。
会津藩的战死者，就是这些“贼党”，朝廷不允许其下葬，尸体长时间放置，风吹日晒，被鸟兽啄食，惨不忍睹。最后一个投降的藩国庄内藩被减封，并且处以三十万两现金的惩罚。当时的姬路藩藩主酒井忠邦，面对此情此景，不失时机地上书天皇，请求把政权、领地悉数奉还给朝廷，这就是日本历史上著名的“版籍奉还”。
终于实现大一统
政府军的强力手段，让地方诸侯们吓破了胆。
其实在此之前，明治三杰中的木户孝允、大久保利通就联合伊藤博文宣传和平实现版籍奉还。但是宣传了一年，没有一个藩响应，这一次诸侯们见识了政府军的手段，表示愿意版籍奉还，伊藤博文等人欢欣雀跃。
明治政府先拿跟自己最亲近的萨摩、长州、土佐、肥前开刀，要求这些藩国做出表率，西南四强藩随即宣布版籍奉还朝廷。明治二年六月，在北海道最终解决了幕府的残余势力之后，平叛大军班师回京，天皇诏告天下，宣布奉还版籍，各大名在军事威胁之下无不从命。各藩藩主被任命为藩知事，从诸侯变成了国家公务员，自主权被彻底剥夺。
到了明治三年(1870年)，政府以萨摩、长州、土佐三藩藩兵为中心，组建了直属中央政府的第一支部队——一万多人的御亲兵，由西乡隆盛指挥。然后天皇将藩知事们召集到东京，下令废藩置县，成立东京、大阪、京都三府和三百零二个县，后来逐渐减到四十七个县。藩知事们的俸禄和贵族地位得以保存，一律安置在东京居住。一方面是高官厚禄，贵族头衔，另一方面是西乡隆盛磨刀霍霍，藩主们拿脚指头都能想清楚选哪个。
新政府兵不血刃，权力集于中央。到此为止，明治政府才实现了中国在秦始皇时期早就实现的大一统，建立起了中央集权的国家。
被西方文明雷到了
明治政府实现了中央集权之后，随即而来的问题就是，如何让日本实现富国强兵?说白了，就是明治政府应该怎么做，才能比德川幕府好呢?
对于这个问题，当时明治政权的新贵，其实也没有什么具体的想法。大久保利通说：“我们过去就是考虑怎么打倒德川幕府，建立天皇政权，这个事业已经完成了，下一步怎么办?谁都不知道，跟着感觉走吧。”
1871年，明治政府派右大臣岩仓具视为特命全权大使，木户孝允、大久保利通、伊藤博文为副使，组建一个由五十名使节组成的庞大使团，率领五十名留学生，从横滨出发，前往欧美进行考察。
明治政府意图派遣使团赴欧美修改不平等条约，重定关税，同时考察西方的文明制度。如此阵容的使节团被认为是日本行政部门全体出动。正副大使分工明确，岩仓负责考察各国的皇室制度，木户考察宪政，大久保考察产业。当时，日本的太政大臣、五摄家出身的三条实美，在给使团送行的时候说：“内制外交，前途大业成败与否，在此一举。”
使团的第一站到了美国。这些人当中只有伊藤博文出过国，会讲英语。在旧金山市长举行的盛大欢迎宴会上，伊藤用英语发表了演说，向全世界展现了日本政府的新形象。他指着日本国旗说：“日本必将与世界各文明国度为伍，犹如不断向上升起的一轮红日。”
但是日本要修改不平等条约的行动，遭到了美国的拒绝，这让日本意识到自己的实力跟欧美各国还相距甚远，使团及时把自己的工作重点由修改不平等条约改为对西方文明与制度的考察。
岩仓使团本来想出国考察六个月，后来延长到一年零十个月，前后考察了十二个西方主要国家，彻底被西方发达的工业文明雷倒了，用日本人的话讲叫“始惊、次醉、终狂”。
大久保利通在英国被漫天黑烟的工业化盛况所震慑，认为日本的经济应该以英国为师，他还迷上了雪茄烟，迈着笨拙的步子跳交谊舞。
最让使节团感到不虚此行的是考察了刚刚打赢普法战争的德国。日本觉得自己作为一个后起国家，跟德国有酷似之处，研究德国的政治比研究英法更有益。大久保利通出席了德国首相俾斯麦的招待会，向俾斯麦请教小国如何富强。俾斯麦告诉大久保利通，强权即公理，这是铁血政策。大久保如梦方醒，明白了为什么日本使团想要修改条约却处处碰壁，从此他成了俾斯麦的忠实信徒。木户孝允也认为，日本人知识水平低，制定宪法要靠君主的英断，决心以德国为蓝本，在日本建立中央集权的君主立宪政治。
这次考察，一共花了一百多万日元，当时的日元是银币，跟中国后来的大洋差不多，这笔钱占日本1872年政府总收入的2%。使团出发之前，曾经和留守的西乡隆盛等人签订了一个约定书，规定国内重大的改革方针，要等使团回国之后再定。但是当1873年5月使团成员回国之后，发现西乡隆盛违约了。
关于改革的方向，留守派和出洋派也有了截然不同的理解，明治三杰最终到了分道扬镳的时刻。
发小之间闹矛盾
西乡隆盛本来在1870年就已辞去了官职，回到鹿儿岛。当时为了废藩置县，大久保利通把西乡隆盛请出来坐镇军队，使团出国之前，又把治理国家的重任托付给了他。但是没有想到，此举成为明治维新三杰决裂的导火索。
1873年的明治政府，面临着成立以来最大的危机。当时日本的陆军卿山县有朋颁布了征兵令。按照幕府时代武士阶层的等级，山县的家庭只属于“中士”，他爹就是一个战时只能打旗、帮主帅拿兵器的小角色。中士阶层很难有升迁的机会，所以，山县有朋年轻时候的理想，就是当一名枪术教师。在长州藩尊王攘夷时，山县组织奇兵队，在幕府讨伐长州藩的四境战争和推翻幕府的戊辰内战中功勋卓著。
山县认为，全面征兵才能建立一支近代化的军队。山县赖以起家的奇兵队就不全是武士，而是由社会各阶层的志愿者组成。特别是山县到欧洲考察时，欧洲人告诉他，征兵能带动政权背后人民的积极性。山县回国就任陆军卿之后，明治政府就发布了征兵令，取消武士垄断军事的特权，全国人民不分贵贱都有服兵役的权利和义务。政府发布这个命令的本质就是要求人民向国家交“血税”。这一点上，山县有朋和西乡隆盛高度一致，都有强兵理念。
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