鲁迅一开篇即描绘了一幅人类社会进步发展的图景：“自然之力，既听命于人间”，“交通贸迁，利于前时，虽高山大川，无足沮核;饥疠之害减;教育之功全;较以百祀(百年)前之社会，改革盖无烈于是也”。他把这一切都归于一点：“多缘科学之进步。”他由此而对科学的本质、作用、影响做出了如下概括与预言——
盖科学者，以其知识，历探自然见(现)象之深微，久而得效，改革遂及于社会，继复流衍，来溅远东，浸及震旦(古代印度对中国的称呼)，而洪流所向，则尚浩荡而未有止也。
鲁迅是以一个改革家的眼光来看待科学，把科学的发展和社会的改革与变化联系起来，并且预感到科学的洪流对20 世纪的远东与中国将形成巨大的冲击，产生深远的影响，因而召唤国人奋起应对这一“浩荡而未有止”的科学潮流的挑战。——这大概就是鲁迅写作《科学史教篇》一文的动因所在吧。
他的方法仍然是“索其真源”，把思考引向历史的追踪，接着就讲述了一部从希腊罗马开始的西方科学发展的历史。我们遵循“科学史的教训”这一题目的提示，着重讨论鲁迅在历史叙述中引出的“教训”。——在我看来，鲁迅依次讨论了五个问题。
一科学的本质是什么?
鲁迅这样概括古希腊的科学研究：“其精神，则毅然起叩古人所未知，研索天然，不肯止于肤廓”，又这样比较“希腊罗马之科学”与“亚剌伯之科学”：“盖希腊罗马之科学，在探未知，而亚剌伯之科学，在模前有，故以注疏易征验，以评骘代会通，博览之风兴，而发见(现)之事少”，而正是后者导致了“科学隐，幻术兴，天学不昌，占星代起”。这里已经说得很清楚：在鲁迅看来，科学的本质就在于“探索未知”，并有自己的“发现”。如果只是一味地模仿前人已有的成果，为之作注疏，不做新的试验探讨，停留于一般的评论、阐述，而不能在融会贯通基础上进行新的创造，而以博览他人著述以自炫，这都会远离科学研究的根本。因此，他在下文中，就引述了13世纪英国哲学家洛及培庚(通译罗吉尔·培根)的观点，指出“失学”无知的原因有四：“曰摹古，曰伪智，曰泥于习，曰惑于常。”这里最根本的问题正是思维为古人、习惯、常规所拘，既无探索的欲求，更无独立创造发现的能力，即使饱有所谓知识，也不过是一种“伪智”。
二“科学与美艺(文学与艺术)”、“知识与道德”的关系
在许多人的眼里，科学与道德、宗教、文学、艺术，都是截然对立，不能相容的。因此，有人“谓人之最可贵者，无逾于道德上之义务与宗教上的希望，苟致力于科学，斯谬用其所能”——这是以道德、宗教来贬低、否定科学。也有人认为，“知识的事业，当与道德分者”——这又是鼓吹与道德无关的所谓“纯科学”。貌似两个极端，本质却一：都是把科学与道德、宗教、文学、艺术看做是非此即彼的东西。而鲁迅正是要强调“盖无间教宗学术美艺文章，均人间蔓衍(发展)之要旨，定其孰要，今兹未能”。而鲁迅在同时期所写的《破恶声论》里，更是强调了作为人类精神现象的科学、宗教、文学、艺术彼此的相通。在本文中，鲁迅则提出了一个重要的命题——
盖科学发见(现)，常受超科学之力。
他引述阑喀(通译兰克)、赫胥黎等学者的话，强调“真知识”的获得，常来自“非科学的理想”，而发现则“本于圣觉”(灵感)。“故科学者，必常恬淡，常逊让，有理想，有圣觉，一切无有，而能贻业绩于后世者，未之有闻”。这里，鲁迅就从科学发展的历史中，发现了“科学”与“非科学(道德、人格精神的力量)”，“理性”与“非理性(圣觉灵感)之间的相通，而且在他看来，要探讨科学发现的“深因”，是不能不考虑后者对前者的渗透与促进的。
三关于科学研究的方法问题
鲁迅在本文中对在西方科学史上很有影响的培庚(通译培根)的归纳法与特嘉尔(通译笛卡尔)的演绎法进行了具体的讨论。在鲁迅看来，这是人的两种思维方式，是探讨自然现象的两种方法：“初由经验而入公论，次更由公论而入新经验”，“盖私欲揣事业者，成以手，亦赖乎心也”。科学研究当然要重视“实历(实践经验)”，但“悬拟(假设)”也“有大功于科学”。而无数科学史的事实都证明，归纳法与演绎法是应该而且也可以相互补充与统一的：“二术俱用，真理始昭，而科学之有今日，亦实以有会二术而为之者故。”
四关于科学的作用与价值
鲁迅是从两个视角来讨论这一问题的。首先仍然是民族的角度，即讨论“科学与爱国”的问题。他以1789年法国大革命为例，当全欧洲都来围攻，法国面临着严重的民族危机时，“振作其国人者何人?震怖其外敌者又何人?曰，科学也。其时学者，无不尽其心力，竭其智能，见兵士不足，则补以发明，武具不足，则补以发明，当防守之际，即知有科学者在，而后之战胜必矣”。其次，从人性的角度看，科学作为人类的精神现象，真正的科学家“仅以知真理为唯一之仪的(目的)”，“扩脑海之波澜”，“因举其身心时力，日探自然之大法”，它是能显示人的一种精神力量的。鲁迅由此而得出一个重要结论——
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