袁崇焕在走马上任前，鉴于上次的教训，再度给皇帝上书，内容如下：
"以臣之力，制全辽有余，调众口不足。一出国门，便成万里，忌能妒功，夫岂无人。即不以权力掣臣肘，亦能以意见乱臣谋。恢复之计，不外臣昔年以辽人守辽土，以辽土养辽人，守为正著，战为奇著，和为旁著之说。法在渐不在骤，在实不在虚，此臣与诸边臣所能为。至用人之人，与为人用之人，皆至尊司其钥。何以任而勿贰，信而勿疑？盖驭边臣与廷臣异，军中可惊可疑者殊多，但当论成败之大局，不必摘一言一行之微瑕。事任既重，为怨实多，诸有利于封疆者，皆不利于此身者也。况图敌之急，敌亦从而间之，是以为边臣甚难。陛下爱臣知臣，臣何必过疑惧，但中有所危，不敢不告。"
袁崇焕知道，他一旦离开京城远赴边疆，朝中的文臣武将没有几个会在皇帝面前为他说句公道话，相反会想方设法揭他的短。一面之辞重复三次就是真理，皇上对同样的诬陷之辞第一次也许不相信；但第二次就难勉动摇；第三次如仍没有相反的意见就难得不相信。连曾参的母亲都会被流言误导相信一向善良仁爱的儿子会杀人，更何况皇帝和臣子之间呢？
中华帝国到了明王朝时期，权力人物的综合素质较之汉唐帝国时期大幅度下滑，突出的表现是心胸变得狭隘；嫉妒、短视和缺乏全局观念象恶性病毒一样感染了整个官场。害怕别人成功，希望身边的人倒霉、渴望从别人的痛苦和不幸中寻找快乐......官僚之间习惯互相倾轧，恶道人长喜揭人短，尤其是朝中的文官喜欢对边将说三道四。汉唐帝国时期，边将只知道杀敌立功、开疆拓土，保家卫国，不用担心朝官会在皇帝面前说他的坏话，所以边将能集中精力去争取对外战争的胜利；汉民族也因此在对外战争中无往不胜。唐高宗时期，大将军李勣统领大军东征高丽，高宗私下询问谏官贾忠言对东征将官有何看法，下面是贾忠言的回答：
"薛仁贵勇冠三军。庞同善虽不善斗，持军却也严整。高侃勤俭自处，忠果有谋。契苾何力沈毅能断，性少忌刻，却不失为统御才。这数人统是当代良将，若讲到夙夜小心，忘身忧国，总要推大总管李勣哩。"
贾忠言的回答是何等地坦荡无私！明帝国的边将则没有李勣那样的幸运，如果皇帝问身边的大臣同样的问题，边将的形象马上会在皇帝心中大打折扣。为了适应这种形势，明帝国的边将要把大部分精力用来讨好朝中的文官，只把小部分精力用于抗敌御侮，结果军队的战斗力大受伤害，外战往往被动挨打者多，主动战胜者少。边将中如凑巧碰上一个军事天才，又往往不能适应人事而被多方掣肘，使之不能放手建立功勋。结果明王朝出现了这样的怪现象：能打胜仗的将军不被朝廷信任；朝廷信任的边官则只会打败仗。
袁崇焕来到山海关，即开始着手实施他的东方大战略：第一步是加固城池，自固根本，在与后金接壤的辽西走廊增设军事要塞，以挡住后金汗国的攻势；同时加强国防军训练，在三年内训练十万能够攻城掠地连续作战的野战兵团。第一步能否达到预期效果关键在于尽可能回避与后金汗国进行大兵团决战，不受干扰地秣马厉兵，积蓄力量，如能同后金议和达成休战那就更好。第二步是派出游击部队深入敌后骚扰偷袭，破坏敌国的牧场和农村，摧毁敌国的战时经济。第三步是训练有素的野战兵团大规模出击......
为了实现他的东方大战略，袁崇焕开始有意识地和后金汗国接触，试探在不蒙受实质性损失的前提下达成休战的可能性。
再英明的人也会偶尔犯有失误，如果有心寻找一个人的过失，总是能找到机会的。袁崇焕也曾失误过，并被嫉妒他的官僚紧紧抓住不放。
在紧靠后金汗国的登、莱海面上有一个绵亘四十公里的岛屿，名东江。岛上盘踞着一支土匪武装，头目为毛文龙，时不时深入后金汗国从事些打家劫舍的勾当。当明帝国与后金汗国进入战争状态时，明政府看出东江地缘政治上的无比价值，就有意对这支土匪武装实行羁糜政策，派使者去东江封毛文龙为将军。此举的意图很明显，当后金汗国出师和明帝国交战时，毛文龙可以率领岛上的土匪武装操女真兵团的后路。后金汗国要想确保后方的安全，就必须留下一定数量的部队防守毛文龙的袭击，这样明军的压力就会减轻。毛文龙从山大王一下子跃升为将军，自然愿意接受明政府的节制。毛文龙集团的战斗力虽然有限，但因处于有利的地理位置，也确实给后金汗国制造了不少麻烦。后金汗国是一个马上民族，虽然对东江的这股土匪武装颇感头疼，但因不飞水战的缘故只好暂时隐忍。
毛文龙晋升为将军后，仍然不脱土匪习性，在给后金制造麻烦的同时也在给明帝国制造麻烦，所不同的是给前者的麻烦要大一些。毛文龙深知自己所处的地理优势，在接受明政府的招安后并不听从明政府的号令，在东江依旧维持实质上的独立王国，明政府费了许多军饷并未收到预期的效果。袁崇焕就任辽东战区总司令后，毛文龙名义上属他节制，但袁崇焕指挥不了他，毛文龙依旧在自己的辖区内我行我素，不把袁督师放在眼里。大凡有非凡能力的人往往自尊心也强，袁崇焕自然不能忍受毛文龙的目中无人。袁崇焕是儒家知识分子，身上也残存有中国传统知识分子的劣根性，骨子深层有浓厚的"君子情结"，认为人只有先做"君子"然后才能建立功勋。所谓"君子"就是品行高洁的人，毛文龙显然算不上君子，不是君子就不可能忠君报国。在袁崇焕心目中，毛文龙集团除了虚冒钱粮外，对明帝国并没有多大的作用。袁崇焕对毛文龙的认识显然不合当时的情势，要打败力量超过自己的强敌，最有效的办法是建立最广泛的统一战线，最大限度地壮大自己的力量；同时削弱敌人的力量。只要能削弱敌人，就是鸡鸣狗盗之徒也可团结到自己这一边。等打败了强敌之后再把这些人转化成"君子"，如果实在转化不了再"咔嚓"也不迟。在后金成为明帝国主要的威胁时，毛文龙无疑是最佳的统战对象。虽然他起的作用没有预期的大，但对后金汗国多少有点牵制作用，否则后金汗国也不会对其大感头痛。袁崇焕既然意识不到这一点，毛文龙的小命也就完完。凭袁崇焕的超人智慧，除掉毛文龙不过是小菜一碟。袁崇焕借去东江阅兵的机会，轻而易举地把毛文龙砍头。毛文龙死后，东江作为一支威胁后金的武装力量已不复存在。岛上的土匪只服大土匪毛文龙，不服袁崇焕任命的"君子"，没多久就作鸟兽散。毛文龙的养子孔有德和耿仲明则投降后金，成为后金汗国入主中国的得力向导和开路先锋。
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